馬里蘭州大學醫學院舉出服用益生菌有下列治療用途:

替補因服用抗生素被破壞的腸道有益菌。幫助消化並壓制引起疾病的細菌。預防及治療腹瀉(包括傳染性的腹瀉)尤其是諾德氏病毒(兒童腹瀉常見的原因)治療腸道過度生長的壞菌容易導致腹瀉，使用抗生素的病人常有此現象。緩和大腸激躁症、腸道炎症(克隆氏病、潰瘍性大腸炎)病人的症狀。預防及/或減少陰道酵母菌、黴菌感染、尿道感染、膀胱炎的復發，特別是陰道感染。乳醣不耐症的人可以改善乳醣的吸收及消化。強化免疫系統:研究顯示食用特殊乳酸菌種的優酪乳、牛乳及含乳酸菌或比非德氏菌的補充品可能改善人體自然免疫反應。對呼吸道感染像是鼻竇炎、氣管炎、肺炎的治療有輔助效果。減少過敏症的發生:包括氣喘、花粉熱;食物的過敏像是:牛乳;皮膚過敏像是濕疹等。幫助高膽固醇的治療。減少已治療過的膀胱癌復發。還有許多情況在在被觀察益生菌對它們的好處，像是大腸癌、愛滋病有關的腹瀉、幽門桿菌感染。減輕焦慮減少引起牙周病及齲牙的壞菌數。減少感冒及咳嗽的機會。

最後提醒您要買使用優良菌種，菌數最多的100%純天然植物性並且還含有維他命、礦物質、酵素、果寡醣、氨基酸、有機酸及其他有益物質(包括天然抗菌劑)的產品才能發揮最大效益。